ماده 5 : فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مودیان به صورت زیر است:
الف : صورتحساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مودیان صادر می شود. در مورد مودیانی که مستقیما با مصرف کننده نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می شود.
ب : در صورتی که خریدار، مصرف کننده نهائی نبوده و خود عضو سامانه مودیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادرشده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مودیان منتقل می شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می شود.
تبصره : مودیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مودیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب ها اقدام کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله تأیید صورتحساب مربوط می باشد.
پ : در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مودی که عبارت است از مابه التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می شود.
در صورتی که مالیات فروش مودی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، مودی موظف است مابه التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می کند، به حساب سازمان واریز کند. متقابلا در صورتی که مالیات فروش مودی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه مابه التفاوت را به مودی مسترد کند.
ت : پس از اتمام مواعید مقرر در ماده (3) این قانون، مأموران مالیاتی جز در مواردی که در این قانون اجازه داده شده، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده اشخاص مشمول دخالت کنند.
ث : به منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مودیانی که عضو سامانه مودیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الکترونیکی اقدام به فروش می کنند، سامانه مودیان باید به گونه ای طراحی شود که مودی بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آنها صورتحساب الکترونیکی صادر نکرده است، به سازمان اطلاع دهد.
تبصره : گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط واردکنندگان را به سامانه مودیان از طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند.
ماده 6 : جمع صورتحساب های الکترونیکی صادره توسط هر مودی در هر دوره مالیاتی نمی تواند بیشتر از سه برابر فروش اظهار شده وی در دوره مشابه سال قبل، که مالیات آن به سازمان پرداخت شده یا ترتیب پرداخت آن داده شده است، باشد. جمع صورتحساب های الکترونیکی صادرشده در هر دوره مالیاتی برای واحدهای جدید التأسیس یا واحدهای فاقد سابقه مالیاتی نمی تواند بیش از سه برابر معافیت سالانه موضوع ماده (101) قانون مالیات های مستقیم باشد. صدور صورتحساب الکترونیکی بیش از حد مجاز مقرر در این ماده برای کلیه مودیان منوط به پرداخت مالیات بر ارزش افزوده متعلقه یا تعیین ترتیب پرداخت بدهی مالیاتی یا ارائه تضامین کافی خواهد بود، در غیر این صورت به صورتحساب الکترونیکی صادرشده اعتبار مالیاتی تعلق نمی گیرد. آیین نامه اجرائی این ماده ظرف مدت شش ماه از لازم الاجراء شدن این قانون توسط سازمان تهیه می شود و به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی میرسد. آیین نامه مذکور باید به گونه ای تنظیم شود که راه اندازی کسب و کارهای جدید و فعالیت بنگاههای اقتصادی با مشکل مواجه نشده و در عین حال، مانع شکل گیری مودیان صوری در نظام مالیاتی کشور شود.
ماده 7 : صورتحساب های الکترونیکی ثبت شده در سامانه مودیان به منزله ثبت آنها در سامانه فهرست معاملات موضوع ماده (169) قانون مالیات های مستقیم است و فروشنده و خریدار تکلیف اضافی در این مورد نخواهند داشت.